В структуру Харьковского специализированного медико-генетического центра входят следующие подразделения.
1. Приемное отделение.
2. Отделение клинической генетики (Центр наследственной патологии соединительно ткани).
3. Онкогенетическая консультация (Онкогенетический центр).
4. Отделение детской психоневрологии.
5. Отделение ультразвуковой диагностики (Центр перинатальной диагностики).
6. Отделение функциональной диагностики (Центр наследственной патологии легких).
7. Отделение генетического мониторинга.
8. Цитогенетическая лаборатория.
9. Биохимическая лаборатория (Метаболический центр).
10. Отделение молекулярной диагностики.
11. Патоморфологическая лаборатория.
12. Микробиологическая лаборатория.